Bueno, he leído algo de esto y pude concluir algunas cosas, espero te ayude:
1: el Bandoneón es un intrumento más grande que el acordeón.
2: Con Bandoneón tocás tangos, con acordeón vallenato (jajaja broma)
3: El bandoneón utiliza botones en lugar de teclas.
4:Aparte de lo que ya mencioné, también hay gran diferencia tímbrica entre el bandoneón y el acordeón.
No sé, creo que ya se notó mi preferencia por el bandoneón, así que ya me despido, no sin antes dejarte esto que encontre, espero que sirva de algo.
http://ar.geocities.com/benszv/bandonion.htm